〈南区〉
本作の主な舞台である。
異端者のなかでも特に危険な思想の持ち主や大きな能力を持つ生徒が集められた、学園都市中で最も治安の悪い区。
ほかの区の生徒は滅多に訪れることがなく、町中を歩いている生徒はほぼ南区の生徒であるため若干排他的でもある。狭く濃密な生徒同士の協力関係が多く見られ、味方の内はいいが敵に回したくないような人々が多数である。
街はスラム化しており、個人商店が乱立しているほか、公共施設として博物館が置かれている。
伊勢煽梨や和泉孝之が暮らすのがここ。
制服は紺のブレザーに巻きスカートかチェックのズボン、ワイシャツの襟元に一本線が入っている。ネクタイに入っているラインの色が学年によって分かれている。

〈北区〉
軽度の能力者や思想犯が住む地区。ほとんどの生徒が何らかの理由（病気・怪我等）で通常生徒と同じ生活を送ることができていない。療養地。
病院があり、健康診断や能力・人格に関する治療、その他一般的な医療活動が公として行われるのはここのみである。
後に白浜蒼海羽が訪れる。
制服は白のセーラー服と黒の学ラン。学年でタイとピンズの色が分かれている。

〈東区〉
能力の程度とは関係なく、国家に対する忠誠心の高い者が集められている区。最も治安がよく、学習意欲が高い。
巨大な図書館が備わっており、レポート提出の直前期はあらゆる区の生徒で賑わうこととなる。
また、初等科の校舎と寄宿舎はこの区にあるため、12歳以下の子供が多くいる。
屋形壱与を始めとする警察官の本部はここにある他、塔に収まらなかった国家に関わる機関の本部はたいていここにある。
壱与の家はここにある。
制服は軍隊を思わせる詰め襟とセーラー服。学年で制服の基調とする色が分かれている。

〈西区〉
能力者よりもむしろ思想犯の多い地区。南区と比べるとまだましだが比較的治安は悪い。
超常現象に関する事物を始め、研究活動が最も盛んであるが、研究の派閥が様々に分かれているため情報の信用度はさほど高くない。
紀乃瑞槻が当初住んでいた教会はここにある。
植物園や気象観測所、科学館とプラネタリウムなど科学資料に関係した施設が多い。
制服はキャメルのブレザーと白のシャツに濃灰色を基調としたレジメンタルのジャンパースカートかズボン。制服に入っているラインの色が学年により異なる。

〈塔〉
学園都市の中央にそびえ立つ黒い塔。
神様はこの中にいるともっぱら噂になっている。
地上とつながっているほか学園都市の生命維持機関はこの塔に集結している。
入学などの手続き、物品の支給などが行われる場所なので全ての生徒が関わりを持つ場所である。



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