聖百合学院は、生徒会長を筆頭とする白百合派「Weisslilie ヴァイスリーリエ」(花言葉は純潔、栄華、威厳)と、図書委員会委員長を筆頭とする黒百合派「die Schwarzlilie シュヴァルツリーリエ」(花言葉は恋・呪い)に別れ、その覇権争いに明け暮れている。
天真爛漫な少女・紅もねは、転校初日に図書委員会委員長・黒崎れおんの部下・松枝あおいと衝突した事から、この争いに巻き込まれていく。
圧倒的な美と力を誇る生徒会長・白十字えりかの裏の顔とは...。
黒崎れおんの真の目的とは...。
そしてアデール神父がもねに残した言葉「聖書に登場するユリとは、君のことだ」とは一体なんなのか。
謎が謎を呼び、大きな事件を引き起こす。